打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，
